Après avoir réussi le premier doublé Coupe - Championnat de l'histoire du club lors de la saison précédente, Patrice Canayer et ses joueurs rééditent la performance en 1999/2000, en devançant de nouveau Chambéry en Starligue et en triomphant de Dunkerque (21-16) en finale de la Coupe de France à Coubertin.
Le Montpellier Handball entre dans l'histoire du hand français en devenant la première équipe à s'offrir deux saisons de suite le doublé Coupe - Championnat !
A la fin de cette saison, au terme d'un revers face au dauphin chambérien, un autre record historique est à mettre à l'actif des Bleus & Blancs : celui de 48 matchs consécutifs sans défaite dans les compétitions nationales (du 4 décembre 1998 au 10 mai 2000).
En Ligue des champions, l'aventure s'arrêtera en phase de groupes (3 victoires, 3 défaites).
L’effectif champion de France et vainqueur de la Coupe de France 2000 :
Daouda Karaboué, Sorin Toacsen, Andy Sekiou - Laurent Busselier, Didier Dinart, Damien Kabengele, Franck Junillon, Fréderic Anquetil, Julien Serrano, Laurent Puigségur, Andrej Golić, Adriaan Gregory, Cédric Burdet, Grégory Anquetil.
Staff : Patrice Canayer, Didier Marcy, Alain Carmand.
Président : Robert Molines.
Le bilan sportif de la saison 1999/2000 :
- Champion de France.
- Vainqueur de la Coupe de France.
- Phase de groupe de la Ligue des champions (3ème).